1、化膿性腦膜炎（以下簡稱化腦）
嬰兒急性起病者，易誤診為化腦；而治療不徹底的化腦腦脊液細胞數不甚高時，又易誤診為結腦，應予鑒別。重要鑒別點是腦脊液檢查：化腦腦脊液外觀混濁，細胞數多>1000×10/L，分類以中性粒細胞為主，涂片或培養可找到致病菌，鑒別一般不難，但治療不徹底的化腦腦脊液改變不典型，單憑腦脊液檢查有時難與結腦鑒別，應結合病史、臨床表現及其他檢查綜合分析。
2、病毒性腦膜炎
起病較急，早期腦膜刺激征較明顯，腦脊液無色透明，白細胞（50～200）×10/L，分類以淋巴細胞為主，蛋白質一般不超過1.0g/L，糖和氯化物含量正常。
3、隱球菌腦膜炎
起病較結腦更緩慢，病程更長，多有長期使用廣譜抗生素及（或）免疫抑制劑史。病初多無明顯發熱。顱高壓癥狀顯著，頭痛劇烈，與腦膜炎其他表現不平行。視力障礙及視神經乳頭水腫較常見，癥狀有時可自行緩解。腦脊液呈蛋白細胞分離，糖顯著降低，腦脊液墨汁涂片可找到厚莢膜圓形發亮的菌體，結核菌素試驗陰性。
4、腦腫瘤
尤其是嬰幼兒較常見的髓母細胞瘤可經蛛網膜下腔播散轉移，易發生顱神經障礙、腦膜刺激征及腦脊液改變，易誤診為結腦。但腦腫瘤一般無發熱史，少見抽搐、昏迷，顱高壓癥狀與腦膜刺激征不相平行，腦脊液改變較輕微，結核菌素試驗陰性，腦部CT或MRl有助于診斷。