小兒肌無力的病因是由于身體內有種正常人不該有的抗體，這種抗體破壞肌肉上的一種特別構造，此構造叫做“乙醯膽素接受體” ，使肌肉無法順利地接受神經的指揮而動作。
1、先天性骨關節韌帶疾病，如多發性關節彎曲、成骨不全、馬凡氏綜合征。
2、神經肌肉接頭障礙或肌肉本身病變，如肌無力、低鉀性周期性麻痹、先天性肌營養不良、皮肌炎、多發性肌炎。
3、神經系統病變，如腦性癱瘓，21―二體綜合征、神經節苷脂病、異染性腦白質病、亞急性壞死性腦脊髓炎、先天性小腦發育不良、嬰兒進行性肌萎縮癥、脊髓腫瘤，多發性神經根炎等。
4、代謝及內分泌病，如嬰兒高鈣血癥，糖原累積i、v、Ⅶ型，甲狀腺功能低下，腎上腺皮質功能亢進。引起小兒肌無力的疾病較多且病因復雜，一般發現小兒肌無力應請醫生檢查診斷，可結合腦電圖、肌電圖、頭顱ct、血生化等綜合分析確診。
5、嚴重營養不良，維生素b，缺乏癥、壞血病。