本病預后不良，早期認識輕癥患兒并給予及時治療是爭取改善預后的關鍵。一旦出現嚴重的意識障礙則有很高的病死率，幸存者也往往出現嚴重的神經系統后遺癥。瑞氏綜合征的預后與病情輕重、進展速度以及治療早晚有關。年幼者預后差，反復出現抽搐，血氨、肌酸磷酸激酶明顯升高者，空腹血糖低，血pH值低于7.2，凝血酶原時間大于13s，腦壓明顯升高者均提示病情嚴重。凡有早期昏迷、去大腦強直、反復驚厥、血氨在176μmol/L(300μg/dl)以上、高血鉀、空腹血糖在2.2mmol/L(40mg/dl)以下者，預后不良。病死率為10%～40%，多在發病后3天內死亡。治愈后仍有5%患者有神經精神癥狀，存活者中可有智力低下、癲癇、癱瘓、語言障礙或行為異常。少數患兒可活到中年，但處于殘廢狀態。