臨床須與細菌性肺炎、支氣管肺炎、支氣管炎相鑒別。
1.心源性肺水腫 一部分學者認為，左心衰竭是尿毒癥肺的重要致病因素，尿毒癥時影響心功能因素頗多，很少有孤立的尿毒癥性肺水腫，在X 線下也不能區分尿毒癥肺水腫和心源性肺水腫。另部分學者則認為二者還是有一定的區別。
(1)心源性肺水腫：
①有冠心病、心肌病等病史。
②典型者有胸悶、氣急、心前區疼痛、咳粉紅色泡沫樣痰、痰多、不能平臥，早期有臥位時咳嗽史、端坐呼吸史。
③發紺明顯，雙肺聽診可聞及廣泛的干濕性啰音。
④心電圖有和原發病相關的特殊改變。
⑤X 線胸片早期是間質性肺水腫，繼之是肺血樣改變，肺淤血主要表現為上肺的血管怒張和血管邊緣模糊。
⑥強心、利尿治療有明顯效果。
(2)尿毒癥肺水腫：
①即使肺水腫較重，但咳嗽、咳痰等癥狀仍很輕。
②除因代謝性酸中毒可致深大呼吸外，氣急亦輕，仍能平臥。
③咯血者少見，很少有粉紅色泡沫痰。
④40%患者的X 線胸片無心血管異常表現。
⑤病理的基本病變是纖維素性滲出，其肺淤血改變是全肺的血管擴張。
⑥抗感染治療、強心和利尿治療均無效，而透析治療效果好。
2.肺部感染 慢性腎功能衰竭患者多伴有免疫功能降低，再加上貧血、代謝性酸中毒等使機體防御因子障礙，容易受到各種感染，肺部的病毒、細菌感染首當其沖。
(1)有發熱、咳嗽加重、咳膿性痰、氣急加重。
(2)肺部聽診可聞及干、濕啰音。
(3)血常規檢查，發現白細胞總數升高，中性粒細胞比例升高。
(4)C-反應蛋白測定值明顯升高。
(5)痰培養可獲得陽性結果，根據藥敏試驗抗感染治療效果明顯。
3.肺結核 尿毒癥患者并有肺結核約20%左右，尿毒癥晚期接受透析后2～3個月是結核病的好發期。
(1)癥狀不典型：因免疫功能低下，可以無午后低熱，也可有對一般抗生素無效的高熱。盜汗、食欲下降、消瘦等癥狀往往被原發病癥狀掩蓋，結核菌素試驗常呈假陰性。
(2)血沉明顯加快，可達100mm/h，痰涂片或培養，可查到結核桿菌，陽性率在20%～30%。痰結核菌PCR 檢出陽性率可明顯提高。
(3)X 線胸片可能無典型結核表現，CT 檢查有一定意義。
(4)試驗性抗結核治療有效。
4.肺出血-腎炎綜合征 本綜合征晚期進入尿毒癥階段已無鑒別意義，早中期則有其特點。
(1)本病多為16 歲以下男性。
(2)間斷性反復咯血，咯血量不等。
(3)痰中可查見含鐵血黃素巨噬細胞。
(4)肺功能呈限制性通氣功能障礙；彌散功能減退；動脈血二氧化碳分壓降低，說明通氣過度。
(5)X 線胸片見兩肺彌漫性顆粒或結節狀陰影，陰影可呈游走性，肺尖部清晰。
(6)血液檢查抗-腎小球基底膜(GBM)抗體陽性。