1、遺傳毒性：小鼠體內微核試驗、多種沙門氏菌致突變試驗(Ames 試驗)、體外培養哺乳動物細胞試驗（程序外DNA合成試驗）結果均為陰性。
2、生殖毒性：大鼠和家兔分別經口給予576和264mg/kg(以體重計，分別為人每日最大推薦劑量的24和11倍；以體表面積計，分別為人每日最大推薦劑量的4.2和3.5倍)，未發現胎兒畸形。大鼠576mg/kg組，發現再吸收增加。在懷孕婦女身上尚無充分的和嚴格的對照研究。懷孕期間，己酮可可堿只有利大于弊時才可使用。己酮可可堿及其代謝物可以分泌至乳汁。由于本品可致大鼠腫瘤發生，在考慮對哺乳期婦女的重要性后，確定停止哺乳或停止用藥。
3、致癌性：大鼠連續18個月給予本品，劑量為450mg/kg(以體重計，約為人每日最大推薦劑量的19倍；以體表面積計，約為人每日最大推薦劑量的3.3倍)，然后再以非暴露劑量給藥6個月，己酮可可堿可明顯增加雌性鼠的良性乳腺纖維腺瘤的發生。此發現與人使用的相關性尚不明確。在同等劑量下的小鼠長期致癌試驗中未見異常。