病史分析很重要，典型的周期性和節律性上腹部疼痛是診斷消化性潰瘍的主要線索。但必須指出，有潰瘍癥狀者不一定患有消化性潰瘍，而相當部分消化性潰瘍患者的上腹疼痛常不典型，更有一部分患者可無疼痛癥狀。因而單純依靠病史難以作出可靠診斷。確診需要依靠X線鋇餐檢查和（或） 內鏡檢查，后者尤有診斷價值。
1、X線鋇餐檢查 氣鋇雙重對比造影能更好地顯示粘膜象。潰瘍的X線征象有直接和間接兩種：龕影是直接征象，對潰瘍診斷有確診價值。良性潰瘍凸出于胃、十二指腸鋇劑輪廓之外，在其周圍常見一光滑環提，其外圍輻射狀粘膜皺襞。間接征象包括局部壓痛、胃大彎側痙攣性切痕、十二指腸球部激惹和球部畸形等，間接征象僅提示有潰瘍。
2、胃鏡檢查和粘膜活檢 胃鏡檢查不僅可對胃十二指腸粘膜直接觀察、攝影，還可在直視下取活檢作病理和Hp檢測。它對消化性潰瘍的診斷和良、惡性潰瘍鑒別診斷的準備性高于X線鋇餐檢查。在潰瘍太小或太表淺，鋇餐檢查難以發現；鋇餐檢查發現的十二指腸球部畸形可有多種解釋難以確診；活動性上消化道出血是鋇餐檢查的禁忌證，內鏡檢查可確定其來源和性質。鋇餐檢查或內鏡下看似良性的GU中，大約5％實際是惡性的，反之少部分看似惡性的潰瘍，事實證明是良性的，不作活檢難以鑒別。此外，內鏡檢查還可發現伴隨潰瘍的胃炎和十二指腸炎。內鏡下消化性潰瘍多呈圓形或橢圓形，偶也呈線狀，邊緣光整，底部充滿灰黃色或白色滲出物，周圍粘膜可有充血、水腫，有時見皺襞向潰瘍集中。內鏡下潰瘍可分為活動期（A）、愈合期（H）和瘢痕期（S）三個病期，其中每一病期又可分為1和2兩個階段。
預后：內科有效治療的發展，預后遠較過去為優，已使消化性潰瘍的死亡率顯著下降至1％以下。30歲以下患者的病死率幾乎等于零；年長著的死亡主要由于并發癥，特別是大出血和急性穿孔。