異源同源基因（xenologous gene）是由于基因在不同物種間的橫向轉移（horizontal transfer）而產生的。異源同源基因在原核生物中研究比較多。最近研究表明，異源同源基因的原位取代xenolo—gous gene displacement in situ)是細菌進化的強大推動力。另外，在比較真核基因組和原核生物基因組時發現，小部分脊椎動物基因在細菌中有同源序列，而在其他真核生物中卻沒有發現同源序列。一種解釋認為，這些基因從細菌直接水平地轉移到脊椎動物的祖先，也是異源同源基因；另外一種解釋則認為，是由于其他的真核生物丟失了這些基因。