⑴微波遇透明物質時，其透過量大于激光，激光透不過，而微波則能透過；
⑵微波輻射天線插入組織內，遇組織粘連在天線上仍能輻射。激光的光導纖維插入組織內，遇上述情況則急劇減弱直到不能出光；
⑶在同樣強度下，微波凝結量大于激光，呈現表里同時凝結狀。而激光則呈由表及里狀；尤其遇到3mm左右血管，微波可不穿破管壁封閉血管。而激光往往穿破管壁出血；
⑷微波摧毀組織直至碳化無煙霧產生，而激光則因氣化產生大量煙霧，這不僅增加處理麻煩、增大成本，而且污染環境，刺激術者，在腫瘤治療中，有人發現飛濺的存活腫瘤碎片；
⑸微波與激光止血效果均好，但據日本學者的實驗認為，微波屬第一位，因止血后不再出血，激光則有出血情況；
⑹激光應用取決于光纖，制作插入組織的光纖難度大，極易損壞，一旦折斷，有可能殘留組織內成為異物。微波天線是金屬材料，不存在上述問題。
⑺微波機及輻射器，消耗少，經久耐用，便于攜帶，易于控制，安全性大。激光則價格昂貴，消耗大，用于手術的激光機不能移動，難以控制，安全性不及微波，且維修困難，一次治療至少需兩人同時工作。微波治療只需術者一人即可進行。