心臟橫紋肌瘤被認為是心肌的錯構瘤而非真正的腫瘤,可能由胎兒心臟成肌細胞衍化而來,因不少病例同時有腦的結節硬化等病變,故考慮是心肌的瘤樣增生。1/3~1/2的兒童原發性心臟橫紋肌瘤與結節性硬化有關,后者屬染色體顯性遺傳,可并發腦內錯構瘤、面部皮脂腺瘤以及腎血管平滑肌脂肪瘤等。近有學者認為,心臟橫紋肌瘤可能是由于心臟正常復制過程部分出現凋亡延遲或失效而產生的。