1、麻疹
口腔及頰黏膜可以檢查麻疹斑，伴有眼結膜炎癥狀。
2、猩紅熱
一般為兒童多見，早期可以出現寒戰、高熱，可以出現典型的楊梅舌及猩紅熱樣皮疹。
3、流行性感冒
鼻腔黏膜充血，伴有全身酸痛、乏力以及頭痛等癥狀。
4、傳染性單核細胞增多癥
可以出現發熱、咽痛癥狀。扁桃體腫大，表面可以看見灰白色分泌物附著，容易拭去。伴有頸部淋巴結腫大，白細胞計數早期減少，后期增加，單核細胞增多，一般以超過10%為陽性標準。血清嗜異性凝集試驗為陽性。
5、粒細胞減少性咽峽炎
全身癥狀重，扁桃體以及周圍組織潰瘍，有褐色壞死物，白細胞計數減少，中性粒細胞消失，血小板減少，血沉加快。
6、淋巴細胞性白血病
血液常規檢查可以區別，骨髓涂片可以明確診斷。
7、急性心肌梗死
單側牙齒疼痛或者一側咽痛，咽部表現不明顯患者，需要警惕心血管事件發生。
8、甲狀腺疾病
可以以咽部不適為主要癥狀，初期多誤診為咽炎，行頸部B超以明確診斷。
9、奮森咽峽炎
是一種潰瘍性炎癥，主要由厭氧梭形桿菌以及螺旋體感染引發。臨床表現多為一側咽痛，伴有頭痛及張口困難，以及全身不適癥狀。咽拭子涂片檢查發現梭形桿菌及奮森螺旋體可以確診。