病情急劇，應積極搶救。
1、一般治療
臥床休息，吸氧，有嚴重胸痛時可用嗎啡5～10mg皮下注射，休克者應慎用。同時補充血容量，糾正休克。抗休克常用多巴胺20mg加入200ml液體中，開始20滴/min，根據血壓進行調節，使收縮壓維持在12kPa（90mmHg）。
2、溶栓治療
溶栓是藥物將纖維蛋白溶酶原轉變成纖維蛋白溶酶，以溶解血管腔內的纖維蛋白，縮小或消除血栓，恢復栓塞肺血管的血液循環，改善血流動力學和血氣交換，降低病死率。一般新鮮血栓或發病5天內效果最好，在發病2周內亦可采用。通常用于大塊肺栓塞（>2個肺葉）或肺栓塞伴休克者。常規治療方法：首先檢查血常規、血小板、凝血酶原時原時間（PT），激活的部分凝血酶原時原時間（APTT）。若無異常，尿激酶2萬U/kg加入100ml生理鹽水或5%葡萄糖溶液中，于2h內滴完。每4小時測1次APTT，當其恢復至對照組1.5～2.5倍時，給予低分子肝素鈣溶液0.3～0.4ml皮下注射，2次/d，共7天。
3、抗凝治療
首選肝素，可防止肺栓塞的復發。具體給藥方法：①連續靜脈滴注法：負荷量為每小時2000～3000U或25U/（kg·h）維持。②間歇靜脈注射法：每小時500U，每8～12小時1次，24h后劑量減半。③間歇靜脈、皮下注射法：5000U靜脈注射，同時1萬U皮下注射，以后每8～12小時皮下注射1次。應用肝素使凝血時間延長1倍或APTT延長至對照值的1.5～2.5倍為所需用的肝素劑量。肝素治療48h后開始口服抗凝藥，常用的藥物為華法林。首次劑量為4mg，以后參考凝血酶原時原時間及活動度調整劑量，凝血酶原活動度維持在20%～30%之間，凝血時間為正常的1.5～2倍，療程3～6個月。
4、手術治療
手術摘除動脈血栓主要用于大肺動脈栓塞（>50%肺動脈）；患者處于嚴重休克或低氧血癥經內科治療不改善；抗凝或溶栓治療有禁忌證，經肺動脈造影證實后均可行手術。