急性良性成淋巴細胞增多癥預后大多良好。病程一般為1～2周，但可有復發。部分患者低熱、淋巴結腫大、乏力、病后軟弱可持續數周或數月。極個別者病程遷延達數年之久。本病病死率為1%～2%，因脾破裂、腦膜炎、心肌炎等所致。有先天性免疫缺陷者感染本病后，病情可迅速惡化而死亡。
急性良性成淋巴細胞增多癥與單核巨噬細胞系統惡性病變是兩種迥然不同的疾病。雖EB病毒亦可見于淋巴瘤患者，但本病不會轉化為淋巴瘤。
