雖然腫瘤標記物缺乏特異性，但在輔助診斷和判斷預后等方面仍有一定價值。主要包括酶學檢查，如堿性磷酸酶，在肝癌和骨肉瘤患者可明顯升高；糖蛋白，如肺癌血清ɑ酸性糖蛋白可有升高，消化系統腫瘤CA19-9等增高；腫瘤相關抗原，如癌胚抗原（CEA）在胃腸道腫瘤、肺癌、乳腺癌中可出現增高，甲胎蛋白（AFP）在肝癌和惡性畸胎瘤中可增高。
