致病微生物直接或間接感染主動脈是導致感染性腹主動脈瘤的主要原因。在抗生素未廣泛應用前，a-溶血性鏈球菌、肺炎球菌、結核桿菌乃至梅毒螺旋體為主要病原微生物。隨著腹主動脈貫穿性損傷增多，血管外科手術的開展，葡萄球菌感染的比例有所增高，因金黃葡萄球菌與沙門桿菌感染而致病者最常見，分別占約40%和20%余為厭氧菌等感染，并有少數耐藥葡萄球菌菌株致病的報道。特別需要強調的是，沙門菌具有親血管性可引起正常動脈壁的結構破壞而形成假性動脈瘤。
增加本病易患性的危險因素包括：貫穿性動脈創傷(包括扎吸毒品誤傷動脈)并發菌血癥與敗血癥感染性心內膜炎先天性心臟病、由于患惡性腫瘤或應某些藥物使免疫力低下等。除常見致病菌外，彎曲桿菌、假單胞桿菌、布氏桿菌、克雷白桿菌、白色念珠菌等亦可致病。
感染性動脈瘤可隱匿性存在中國醫科大學附屬第一醫院曾收治1例女性感染性腹主動脈瘤發生破裂，其細菌培養為葡萄球菌在動脈瘤破裂搶救成功后的半年又發生頸總動脈瘤其細菌培養又為葡萄球菌，發生了葡萄球菌敗血癥經搶救治愈。