研究顯示，慢性直腸炎發生和免疫、感染等因素相關。慢性直腸炎可由急性腸炎遷延或反復發作而來，病程多在2個月以上。長期過度疲勞、情緒激動、過度精神緊張，加以營養不良，都可成為慢性腸炎的誘因。其病因可為細菌、霉菌、病毒、原蟲等微生物感染，亦可為過敏、變態反應等原因所致。也可繼發于咀嚼障礙、胃酸缺乏、胃大部切除術后、腸道寄生蟲病等疾患。
慢性直腸炎分為兩種：直腸粘膜及其下層肥厚者，為慢性肥大性直腸炎；如直腸內的腸腺及其間質萎縮改變者，稱為慢性萎縮性直腸炎。常見疾病如下：
1、腸息肉：直腸炎五年以上的，腸道潰瘍面在炎癥的長時間刺激下容易異常增生，造成腸息肉，1cm以上的直腸粘膜表面向腸腔突出的隆起性病變發生癌變率極高。
2、腸狹窄：多發生在病變廣泛、病程持續長達5-25年的病例，臨床上通常沒有任何癥狀，嚴重時可引起腸阻塞，在本病產生腸狹窄時，要防止腫瘤。
3、肛竇炎：如果直腸炎沒有及時進行治療時，可并發肛竇炎等肛腸病，并有繼發肛周膿腫的危險。
4、肛管炎：這是直腸炎的并發癥，一般與直腸炎并稱為肛管直腸炎，肛管炎久拖不治也可有癌變的危險。
5、缺鐵性貧血：便血是直腸炎的主要臨床表現之一，便血的多少也是衡量病情輕重的指標，長時間慢性出血可會誘發缺鐵性貧血。