發生在移植100天后至1年半，少數患者可發生在移植2年后。發生率隨移植物來源不同而不同，從20%～70%不等。其中20%～40%為致死性移植物抗宿主病，是影響異體造血干細胞移植長期生存和生活質量的一個重要因素。慢性移植物抗宿主病除與上述易發因素有關外，如移植物來自供者的外周血，而非骨髓則發生率也會增加，因為外周血中的活性免疫細胞可能多于骨髓。此外，先前發生過急性移植物抗宿主病者也易再發生慢性移植物抗宿主病。移植后因植入失敗或白血病復發，行同一供者的外周血淋巴細胞輸注者也是慢性移植物抗宿主病的危險因素。
慢性移植物抗宿主病常累及口腔黏膜，口腔干燥是最早且最常見的征象，也可伴口腔疼痛或口腔黏膜苔蘚樣變。皮膚受累早期呈扁平苔蘚樣皮損，也可出現多邊形丘疹，嚴重者呈泛發性皮損。晚期皮膚色澤變深，萎縮及纖維化，類似于硬皮病，并可影響關節活動，致關節攣縮畸變。眼部受累表現為干眼癥，淚液明顯減少。肝臟累及多見，主要表現為黃疸，病理上顯示為肝壞死或肝硬化。胃腸道波及也十分常見，食管病變可引起吞咽困難和疼痛，如影響進食可致體重下降，食管鋇餐造影顯示食管狹窄呈錐狀改變。此外，慢性移植物抗宿主病可影響支氣管及肺，致肺功能減退及呼吸困難。最后，慢性移植物抗宿主病還可伴免疫功能低下，頻發感染；也可使血小板持續減少而出血。
慢性移植物抗宿主病是白血病行造血干細胞移植后長期生存者死亡的重要原因，占1/4左右，也是影響患者生存質量的主要因素。