慢性細菌性結膜炎可由急性結膜炎演變而來，或毒力較弱的病原菌感染所致。多見于鼻淚管阻塞或慢性淚囊炎病人，或慢性瞼緣炎或瞼板腺功能異常者。金黃色葡萄球菌和摩拉克菌是慢性細菌性結膜炎最常見的兩種病原體。
根據臨床表現、分泌物涂片或結膜刮片等檢查，可以診斷。結膜刮片和分泌物涂片通過Gram和Giemsa染色可在顯微鏡下發現大量多形核白細胞和細菌。為明確病因和指導治療，對于伴有大量膿性分泌物者、結膜炎嚴重的兒童和嬰兒，及治療無效者應進行細菌培養和藥物敏感試驗，有全身癥狀的還應進行血培養。
去除病因，抗感染治療，在等待實驗室結果時，醫生應開始局部使用廣譜抗生素，確定致病菌屬后給予敏感抗生素。根據病情的輕重可選擇結膜囊沖洗、局部用藥、全身用藥或聯合用藥。切勿包扎患眼，但可配戴太陽鏡以減少光線的刺激。超急性細菌性結膜炎治療應在診斷性標本收集后立即進行，以減少潛在的角膜及全身感染的發生，局部治療和全身用藥并重。