1.全身性疾病
（1）糖尿病腹瀉與胃腸道植物神經病變有關。
（2）甲狀腺機能亢進癥由于腸道蠕動快,消化吸收不良而出現大便頻繁甚至腹瀉,大便一般呈糊狀,含較多未消化食物。
（3）慢性腎功能不全（尿毒癥）
（4）自身免疫性疾病例如系統性紅斑狼瘡、硬皮病、貝赫切特綜合征等。
2.肝、膽、胰腺疾病
（1）肝炎、肝硬化、肝癌。
（2）慢性胰腺炎、胰腺癌。
（3）膽囊切除術后。
3.胃腸道疾病
（1）胃腸道腫瘤
（2）炎癥性腸病
（3）功能性腸易激綜合征、功能性腹瀉。
（4）感染性腸結核、阿米巴腸病、慢性菌痢、真菌感染。
（5）藥源性多種藥物或藥物間相互作用可以引發慢性腹瀉。