慢性菌痢主要病理變化是結腸潰瘍性病變，潰瘍邊緣可有息肉形成，潰瘍愈合后留有瘢痕，導致腸狹窄，若瘢痕正在腸腺開口處，可阻塞腸腺,導致囊腫形成,其中貯存的病原菌可因囊腫破裂而間歇排出。菌痢病情遷延不愈超過2個月以上者稱作慢性菌痢。慢性菌痢多由于輕型病例未能診治，一般病例治療不及時或不合理造成，也有因菌耐藥，雖經正規治療仍轉為慢性者。凡有營養不良，胃酸低，慢性膽囊炎，腸道寄生蟲病者易形成慢性；神經穩定性失常，飲食失常，受涼或過度勞累則是導致慢性或緩解期轉為急性發作的誘因。
