慢粒病程可分為兩個階段:慢性期和轉化期。慢性期時經治療可取得緩解;轉化期時治療效果很差,病情每況日下。75~85%慢粒在1~5年慢性期后轉入轉化期;少數病例在診斷后數月即發生轉變,也有少數病例在十余年后才轉變者。急變病例的癥狀和急性白血病相似,而治療效果比急性白血病還差,無療效的病例一般在6月內死亡。各家統計的中數生存時間自有癥狀開始至死亡一般多為3~4年。死亡原因主要為感染、出血、浸潤或全身衰竭。