戊二酸血癥Ⅱ型的臨床診斷比較困難，需要依靠實驗室檢查明確診斷。
（1）尿有機酸、血脂肪酸、血酰基肉堿譜分析。典型的有機酸尿癥僅在疾病的發作期才能檢測到，間歇期可正常。所以，對于高度懷疑該病的患者應盡早和反復多次進行尿氣相質譜檢測，不能輕易地肯定或否定診斷。
（2）肌肉或肝臟病理學檢查，可見脂肪累積。
（3）基因分析，可明確診斷。
