1.一般Rathke囊腫的手術死亡率很低，術后視力、視野損害多可迅速好轉。個別病例術后可有內分泌功能改善，血激素水平恢復正常，尿崩癥緩解。但術前內分泌功能嚴重減退者術后多難恢復，尤其是合并垂體瘤者，其內分泌改變更加難以改善。因此許多作者強調此病應及早發現，以便早期經蝶竇行囊腫引流，以爭取更好的治療結果。術前出現頭痛者，術后僅70%疼痛緩解。經顱手術者術中囊液溢入周圍蛛網膜下腔易致術后腦膜炎，故術中切開囊壁時應于其周圍墊好棉片以免囊液外溢，手術結束時用生理鹽水反復沖洗術野，術后給予地塞米松治療。
2. 3.6%的病人術后囊腫復發或較前增大，有些作者在第二次手術中發現其囊壁的病理學改變更傾向于顱咽管瘤，故強調在第二次手術時應首先進行囊壁冷凍切片檢查，待確定診斷后再決定是否進行廣泛切除。