有內毒素、莢膜、菌毛以及所產生的肝素酶和膠原酶。擬桿菌的內毒素活性比其他革蘭陰性菌的弱，原因是脂多糖結構不完整。研究表明，莢膜多糖是非常重要的致病因子，能引起腹腔及各器官的膿腫。如將脆弱擬桿菌中提取的莢膜多糖注射到小鼠腹腔，可形成膿腫，而從其他細菌(肺炎鏈球菌)提取的莢膜多糖，不形成膿腫。肝素酶可降解肝素，促進凝血，有利于血栓性靜脈炎和遷徙性膿腫的形成，膠原酶則有利于細菌的擴散。擬桿菌主要引起顱內、腹腔和盆腔的感染。
