類病毒RNA的復制不需借助輔助病毒，但由于其不編碼任何蛋白，因而類病毒的復制完全依賴于宿主的轉錄系統。所有類病毒的復制均為RNA-RNA直接轉錄，并不涉及DNA。在類病毒感染的植物體中，采用分子雜交技術可以發現多體的類病毒（+）鏈和（一）鏈RNA，以及二者的復合物，因此類病毒的復制可能是滾環模式。 [5]
具體過程為：先以滾環方式合成一條負鏈RNA，再以負鏈為模板合成一系列的正鏈RNA，于是形成了一個雙鏈的復制中間體，然后再從復制中間體上產生線狀的ssRNA-3分子，RNA-3再在RNA連接酶的作用下環化成RNA-2這種擬病毒分子
因為類病毒RNA主要集中在核內，特別是核仁內，所以其復制很可能是由依賴DNA的RNA聚合酶Ⅱ完成，這一點已在馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒（PSTV）中得到證明。至于（+）鏈和（一）鏈多體的剪切加工，則可能是由類病毒RNA自身的核酶活性完成的。 [5]
許多類病毒cDNA已經克隆，克隆的PSTV cDNA仍具有侵染性。