患者取左側臥位，固定牙墊，待鎮靜藥物起效后，開始插鏡。用雙氣囊滑管者，在插鏡前，須在鏡身上涂潤滑油，將滑管套在鏡身上。按常規胃鏡檢查法對食管、胃、十二指腸各部進行觀察。進鏡至十二指腸懸肌（屈氏韌帶）后，將鏡身拉直，沿鏡身將滑管插至十二指腸降部。然后尋腔進鏡，在空腸進鏡時，方法似結腸鏡檢查，即尋腔進鏡、結合雙氣囊滑鏡，反復送拉。如果進鏡阻力較大，不要盲目進鏡，以防穿孔。發現病變，可進行活檢或染色及其他相應處理。為較準確定位小腸鏡所在部位，可用X線透視幫助定位。借助滑管檢查時小腸鏡可進至十二指腸懸肌（屈氏韌帶）下更遠端部位。