臨床懷疑小腸疾病，而其他常規檢查方法不能明確者，或臨床醫師確定須行小腸鏡檢查者。如：
1.原因不明的腹痛，經X線鋇餐檢查無陽性發現或疑有小腸病變者。
2.原因不明的消化道出血，疑小腸病變者。
3.疑小腸良、惡性腫瘤者。
4.小腸吸收不良綜合征。
5.疑小腸淋巴管擴張癥。
