也是在1977年發現的,它是內部包含一段或幾段最后不出現在成熟的mRNA中的片段的基因。這些不出現在成熟的mRNA中的片段稱為內含子,出現在成熟的mRNA中的片段則稱為外顯子。例如下面這一基因,有三個外顯子和兩個內含子。在幾種哺乳動物的核基因、酵母菌的線粒體基因以及某些感染真核生物的病毒中都發現了斷裂的基因。內含子的功用以及轉錄后的加工機制是真核生物分子 遺傳學 的一個吸引人的課題。