取決于宿主的免疫功能狀態以及受累器官。嚴重先天性感染預后多惡劣。成人免疫功能缺損（如有艾滋病、惡性腫瘤、器官移植等），弓形蟲病易呈全身播散性，預后亦差。單純淋巴結腫大型預后良好。眼部弓形蟲病常反復反應。感染發生越早，胎兒感染的嚴重程度越重，導致流產、死胎、死產；先天性弓形體病表現為多臟器受損，易發生各種畸形和后遺癥；出生后無癥狀者，經3～20年后，也可出現智力發育不全、聽力障礙、視網膜脈絡膜炎等。研究表明90%的患兒以后出現了視力、聽力損害和發育遲緩問題。因此，先天性弓形體病患兒應在出生后第1年內及時治療，并定期進行檢查，降低疾病的危害。