新生兒泌尿系感染可由多種細菌引起，以大腸桿菌感染最多，其次為副大腸桿菌、變形桿菌、產氣桿菌、葡萄球菌、鏈球菌、克雷白菌等，也可以由支原體、病毒或真菌引起。
新生兒泌尿系感染的途徑有血行感染和上行感染。
1.血行感染是最常見的途徑，常見于敗血癥、化膿性腦膜炎、肺炎、膿皰病等過程中，與新生兒免疫功能低下有關。
2.上行感染，新生兒尿路的特點易導致尿貯留引流不暢而發生感染；新生兒膀胱輸尿管連接處的瓣膜功能較弱，當膀胱充盈壓增高時，尿液易向上逆流而感染。此外，新生兒女嬰尿
道短，外口暴露且距肛門近，上行感染機會多；男嬰雖尿道較長，但膀胱內尿液不易排空，尤其有包莖者，污垢積聚也易發生上行感染。