1.病原菌
可由多種致病菌引起，以大腸埃希桿菌感染最多見，其次為副大腸桿菌、變形桿菌、產氣桿菌、鏈球菌、克雷白桿菌、銅綠假單胞菌、葡萄球菌、鼠傷寒沙門菌等，偶可由支原體、病毒或真菌引起。
2.感染途徑
（1）血行感染 為新生兒期泌尿系感染的最常見途徑，常見于敗血癥、化膿性腦膜炎、肺炎、膿皰病等過程中，與新生兒免疫功能較低有關。
（2）上行感染 新生兒尿路的特點是腎盂和輸尿管較寬，輸尿管管壁肌肉和彈力纖維發育不良，彎曲度大，易被壓和扭轉，易有尿潴留引流不暢而致感染；新生兒膀胱-輸尿管連接處的瓣膜功能較弱，當膀胱充盈壓力增高時，尿液易向上逆流而感染。新生兒女嬰尿道僅長1cm（性成熟期為3～5cm），外口暴露且距肛門甚近，故上行感染機會多。新生兒男嬰雖尿道較長，但每次排尿時膀胱內尿液不易排空，尤其有包莖的小兒，污垢積聚也易發生上行感染，以上特點均為上行性感染易發生的因素。
（3）淋巴感染 腸道與腎臟、泌尿道之間有淋巴通路，新生兒腸道感染，尤其患大腸埃希桿菌性腸炎和鼠傷寒沙門菌腸炎時，易致泌尿系感染。
（4）直接感染 較少見，但鄰近器官或組織有化膿性感染，如化膿性腹膜炎、腎周圍膿腫等，可直接波及泌尿道而感染。