1.沙眼衣原體結膜炎
（1）直接涂片鏡檢可見胞質內衣原體包涵體及大量多核白細胞，混合感染時可見其他細菌。
（2）直接熒光抗體試驗敏感性為95%～100%，需用熒光顯微鏡檢查。
（3）酶免疫試驗檢測衣原體抗原，不需特殊儀器，敏感性為95%～98%。
（4）細胞培養取眼部分泌物行細胞培養，發現典型的細胞質中包涵體者為陽性，要求高難做到。
2.衣原體肺炎
（1）胸片雙側廣泛間質和（或）肺泡浸潤，常見過度充氣，偶見大葉實變，胸腔積液罕見。
（2）血常規白細胞計數一般正常，70%～75%患兒嗜酸性粒細胞計數>300×106/L。
（3）鼻咽部抗原檢測
（4）細胞培養取氣管或鼻咽部吸取物、鼻咽拭子標本做細胞培養。
（5）衣原體抗體
（6）分子生物學技術