新生隱球菌含新生變種和格魯變種，廣泛分布于自然界，主要侵犯免疫受損尤其是細胞免疫受損者(如AIDS患者)，不僅鴿糞中常可分離，在桉樹、土壤、室內灰塵、家畜(貓、牛、山羊等)的排泄物中都曾成功分離出。世界范圍內，90%的臨床新生隱球菌和超過99%的AIDS患者并發的新生隱球菌感染皆由格魯比變種引起，該菌自然界中常可在鴿糞中分離。
