遺傳性果糖不耐癥是由于果糖二磷酸醛縮酶缺陷所致。已知該酶的分子量為160000，由4個亞單位組成；根據其催化活性、免疫特征和在不同組織中的分布情況，又可分為A、B、C三型同功酶。在肝、腎和小腸中以B型果糖二磷酸醛縮酶為主，它的編碼基因位于9q13～q32，長約14500bp。歐洲資料表明：A149p、174D和N334k三種點突變是導致果糖不耐癥的最主要原因。本病患兒肝臟內的果糖二磷酸醛縮酶活性由完全缺如到僅為正常人的12%左右不等，在攝人果糖后大量l-磷酸果糖累積在趕細胞內。累積的1-磷酸果糖不僅可使果糖-1，6-二磷酸酶活性受到抑制，導致葡糖異生過程受阻，而且由于大量無機磷（Pi）亦同時被圍人，使血磷降低和ATP再生減少。1-磷酸果糖的累積和ATP供應不足兩者也阻礙了糖原釋出l-磷酸葡萄糖，從而使糖原分解過程受抑止導致臨床出現低血糖癥狀。如繼續使用含蔗糖或果糖的食物喂養，將造成患兒肝細胞損傷，持久的含果糖飲食會造成患兒肝細胞壞死、脂肪浸潤、膽小管增生和纖維化甚至肝硬化，其機理不甚清楚，可能是由于卜磷酸果糖的細胞毒性作用或與缺乏ATP有關。