枯草芽孢桿菌在污水處理及生物肥發酵或發酵床制作中應用也相當廣泛，是一種多功能的微生物。
1． 市政和工業污水處理，工業循環水處理，腐化槽、化糞池等處理，畜牧養殖動物廢料、臭味處理，糞便處理系統，垃圾、糞坑、糞池等處理；
2．畜牧、家禽、特種動物及寵物養殖；
3．可以與多種菌種混配，在農業生產中具有重要作用。
