核性眼肌麻痹與周圍性眼肌麻痹的臨床表現類似，但有以下3個特點。
1.雙側眼球運動障礙
動眼神經核緊靠中線，病變時常為雙側動眼神經核的部分受累，引起雙側眼球運動障礙。
2.腦干內鄰近結構的損害
展神經核病變常損傷圍繞展神經核的面神經纖維，故同時出現同側的周圍性面神經麻痹，同時累及三叉神經和錐體束，出現三叉神經麻痹和對側偏癱。
3.分離性眼肌麻痹
核性眼肌麻痹可表現為個別神經核團選擇性損害，如動眼神經核亞核多且分散，病變時可僅累及其中部分核團而引起某一眼肌受累，其他眼肌不受影響，稱為分離性眼肌麻痹。