橋本氏甲狀腺病的病理機制為自身免疫反應產生自身抗體。如抗甲狀腺過氧化物酶抗體（TPOAb），抗甲狀腺球蛋白抗體（TGAb）抗體與抗原形成免疫復合物。依賴與抗體的細胞毒，免疫介導，免疫復合物，淋巴細胞毒等作用于甲狀腺濾泡上皮細胞，形成免疫性炎癥，炎性細胞増生腫大，形成不同程度的甲狀腺腫。少數橋本氏甲狀腺病患者甲狀腺可無腫大。橋本發病很高，有文獻報告，以幾種抗體檢測對某地區人群作普查，發現有5%的患者有HT。在我們自身長期的臨床工作中，以幾種抗體檢測與甲狀腺細胞學檢查雙指標進行統計，顯示橋本氏病占甲狀腺病門診總量的38．9%，因此建議臨床醫生對甲狀腺病人檢查T3，T4時一定要同時查甲狀腺抗體，以免漏診。橋本氏甲狀腺病患者自己也應要求醫生檢查甲狀腺抗體。