當脂肪酸在碳鏈延伸循環執行到碳鏈達到植物組織所需的長度(一般為16碳和18碳)時將會終止。其主要的作用是以硫酯酶的作用將飽和脂酰與ACP所形成的硫酯鍵水解釋放脂肪酸的過程。植物脂肪酸合成主要依賴質體,故質體中存在兩種特殊的硫酯酶基因fatA和fatB,其中fatA基因產物專門負責十八碳酸的合成終止,而fatB基因產物負責十六碳以下脂肪酸的合成終止。