在診斷椎-基底動脈供血不足時，首先需與如下疾患相鑒別：
（1）心源性疾病如心律失常、心肌功能不足和栓塞（瓣膜病或亞急性感染性心內膜炎）。
（2）伴高凝狀態的潛在性血液系統疾病如血小板增多癥、鐮刀細胞疾病和巨球蛋白血癥。
（3）腦疾病腦實質內出血、脫髓鞘疾病和顱內腫瘤等。
（4）其他吸煙、口服避孕藥或偏頭痛的女性。
