母乳性黃疸的病因迄今尚未完全清楚。現根據發生的時間分為早發性和晚發性兩類。前者發生時間與生理性黃疸相近，認為主要與母乳喂養不當，攝入不足有關；晚發性多認為與新生兒膽紅素代謝的腸肝循環增加有關，常發生于生后1～2周，可持續至8～12周。一般認為，新生兒小腸內的葡萄糖醛酸苷酶含量多（經過檢測確認），活性高。這種主要來源于母乳的酶，可催化結合膽紅素變成未結合膽紅素，此過程在新生兒小腸內進行，加上小兒腸蠕動相對慢，使大量應排泄的膽紅素被這種酶解離成未結合膽紅素，吸收增加，即出現母乳性黃疸。
