要注意極性及最高使用溫度，柱溫不能超過最高使用溫度。固定相按極性相似的原則選擇。
色譜柱的內徑大小、長度都能影響分離率。一般而言，內徑越小，長度越長，分離效果越好，一般柱長為1m～5m（毛細管柱則20m～100m）。
填充劑顆粒一般采用40目～60目，60目～80目及80目～100目大小。長柱子宜用粒度大些的，以減少柱壓降，短柱子則用粒度細的。
氣相色譜中固定液的含量對分離效率的影響較大。一般采用固定液與載體重量之比為15︰100～25︰100。采用高靈敏度的檢測器，由于進樣量減少，固定液含量可以降至5︰100以下。這樣可以使用較低柱溫，從而提高柱效，縮短分析時間。但固定液用量太少會引起吸附。