隨著氟喹諾酮類藥物的廣泛應用，細菌耐藥和不良反應也相繼發生。新上市氟喹諾酮類如替馬沙星(Temafloxacin)1992年在英國上市僅15周后，因發現有過敏、溢血、腎衰等不良反應而停用。故亦不是脂溶性越高，半衰期越長就越好，還應從藥動學及臨床利弊綜合考慮。本類藥物主要不良反應為：
1、中樞神經系統
因能較好透過血腦屏障，進入腦組織而引起，發生率1%～5%，輕者失眠、頭暈、頭痛，重者可誘發驚厥。故精神病及癲癇患者禁用。
2、關節病變
動物實驗中，所有喹諾酮類都可以引起未成年動物關節組織中軟骨損傷，狗最為敏感，在人類尚未發現，但為確保用藥安全，孕婦、哺乳期婦女及兒童禁用，十八歲以下青少年慎用為宜。
3、皮膚及光毒性
我國皮疹報道較多，發生率0%～2%，均屬可逆性。光毒性國外報道多，發生率可達28%，與藥物劑量有關，可通過穿衣防曬預防。
4、消化道反應
惡心、嘔吐、胃部不適、腹瀉、腹痛等，發生率3%～5%。
5、肝腎毒性
有0.8%～4.3%患者可出現肝腎功能異常，故肝腎功能不良患者慎用。
6、血液系統毒性
可有血細胞及血小板減少，溶血性貧血，也有再障報道。
除以上不良反應外，還應注意配伍用藥，如與抗酸藥合用可減少喹諾酮類藥的吸收；與非甾體抗炎藥合用可增加神經系統毒性；與咖啡及茶堿合用可減少后者代謝及消除而出現茶堿毒性反應等。