氯苯吩嗪注射給藥吸收緩慢，口服吸收率個體差異較大，吸收率在45%～62%，其吸收受劑型的影響較大，將微粒膠結晶和油脂基質制成膠囊口服，吸收率可提高至70%。吸收后分布不均勻，由于藥物具有高親脂性，主要沉積于脂肪組織和網狀內皮系統的細胞內，被全身的巨噬細胞攝取，分布至腸系膜淋巴結、腎上腺、皮下脂肪、肝、膽、膽汁、小腸、脾、肌肉、骨骼和皮膚中，不易穿透血-腦脊液屏障。每天口服100mg或300mg，平均血漿藥物濃度為0.7μg/ml或1μg/ml。每天口服100mg或300mg，平均血漿藥物濃度為0.7μg/ml或1μg/ml。每天口服300mg，連續2個月或更長時間，血漿峰濃度為1.8～3.5μg/ml。自組織中釋放很慢，排泄也極緩慢，反復給藥的血漿半衰期約70天。24h內以原形藥物或代謝產物經尿液中排出微量，僅占口服劑量的0.01%～0.41%，3天后11%～66%由糞便中排出，少量由痰液、汗液、皮脂和乳汁中排出。