組織病理檢查：真皮內可見很多小導管，其壁由兩排上皮細胞構成，大多扁平，但內排細胞偶或空泡化。導管腔含無定形物質，有些導管有小的逗點樣上皮尾巴，呈蝌蚪狀。此外尚見與導管無聯系的嗜堿性上皮細胞束。鄰近表皮處，可見囊樣導管腔，管腔內充滿角蛋白，囊壁襯以含透明角質顆粒的細胞。青春發育期的皮損中，真皮內可見大量成熟或接近成熟的皮脂腺，無皮脂腺導管，直接與毛囊漏斗相連，其上方的表皮呈疣狀或乳頭瘤樣增生。嬰兒及兒童期的皮損內僅有少許或無皮脂腺結構。
透明細胞汗管囊瘤中通常的汗管囊瘤巢與透明毛玻璃樣物質圍繞小而暗色卵圓形核的細胞巢混合存在。免疫組化分析角蛋白表達證明其為傳統性汗管囊瘤的一種代謝性亞型。