汗管囊瘤有時需與扁平疣、黃色瘤、丘疹型環狀肉芽腫區別。必要時做病理檢查明確診斷。
1、瞼黃瘤
瞼黃瘤常見于上瞼近內眥處，為黃色丘疹或斑塊，常對稱分布。多見于中年以上婦女，常伴有高脂蛋白血癥。
2、扁平疣
扁平疣主要見于青少年，多發生在面部，但下瞼非好發部位，除面部外，也可見于手背，為表面光滑，質硬，粉紅、淡黃、淺褐或正常膚色的芝麻至黃豆大小的扁平丘疹。散在或成群分布。一般無癥狀，偶有疼痛感。可自行消失，組織病理可以確診。
3、疣狀痣
皮損可發生于身體任何部位，為淡黃色或棕黑色疣狀丘疹，表面角化過度，粗糙，多呈線狀分布。組織病理檢查為表皮角化過度，乳頭瘤樣增生，棘層肥厚，基底層黑素增多，但無疣細胞。
4、乳頭狀汗管囊腺瘤
乳頭狀汗管囊腺瘤多發于頭皮，皮損為單個乳頭瘤狀結節、斑塊，表面有滲出、結痂。組織病理檢查為表皮不同程度的乳頭瘤樣增生，并不規則地向真皮內陷形成乳頭狀囊腔。
5、幼年黑素瘤
幼年黑素瘤皮損為單發的粉紅色或紅褐色堅實結節，直徑1～2cm，表面光滑或疣狀隆起，外傷后易出血。
6、硬斑病型基底細胞上皮瘤
硬斑病型基底細胞上皮瘤皮損為扁平或略凹陷硬化淡黃色斑，光滑，表面有光澤，邊緣常不清楚。組織病理完全不同。
7、毛囊瘤
毛囊瘤皮損為多發的小圓形堅實丘疹和小結節，面部多見，向中心性分布，少數為單個發丘疹。
8、毛發上皮瘤
毛發上皮瘤好發于鼻唇溝處，丘疹較大，往往呈半球形，呈常染色體顯性遺傳，組織病理可以確診。
9、發疹性汗管囊瘤
汗管囊瘤應與丘疹性環狀肉芽腫和丘疹性梅毒疹鑒別，前者活檢呈漸進性壞死，后者梅毒血清反應陽性，皮疹可自行消退。