沃格孟汀耐受性良好，絕大多數不良反應輕微而短暫。不良反應發生率，尤其是腹瀉發生率與給藥劑量呈正相關。
1.腹瀉、惡心、嘔吐、消化不良等胃腸道癥狀較多見。其發生率高于單獨使用阿莫西林時。
2.皮疹（如蕁麻疹）等過敏反應癥狀也較多見。但據報道，其皮疹發生率低于單獨使用阿莫西林。
3.少數患者用藥后可出現肝功能異常（血清丙氨酸氨基轉移氨基轉移酶或天門冬氨酸氨基轉移酶升高）、黃疸等，但停藥后可恢復正常。
4.少數患者用藥后可引起二重感染。
