沙眼衣原體（CT）除引起世界范圍流行的沙眼外，已是性傳播和新生兒圍生期母嬰傳播的重要疾病之一。沙眼衣原體可用微量免疫熒光試驗分成15個不同的免疫亞型，不同的亞型可引起不同的臨床癥狀群。A、B、Ba、C型引起流行性沙眼，D、E、F、G、H、I、J、K等型引起成人的眼及生殖器感染，新生兒的眼及呼吸道感染。而L1、L2、L3型則主要引起性病性淋巴肉芽腫及直腸炎。用于沙眼衣原體基因擴增的引物序列主要有外膜主蛋白基因、隱蔽性質粒和rRNA基因。
