結石引起尿流梗阻已影響腎功能、或經非手術療法無效，無體外沖擊波碎石條件者，應考慮手術治療。原則上對雙側腎結石先取手術簡便安全的一側；一側腎結石，另一側輸尿管結石，先取輸尿管結石；雙側輸尿管結石先取腎積水嚴重的一側。對有嚴重梗阻、全身虛弱不宜行較復雜的取石手術者，可先行腎造瘺。
術前準備：術前必須了解雙側腎功能情況，有感染者先用抗菌素控制感染。輸尿管結石患者在進手術室前或在手術臺上術前攝尿路平片作結石的最后定位。
