任何致病菌均可引起UTI，但絕大多數為革蘭陰性桿菌，如大腸桿菌、副大腸桿菌、變形桿菌、克雷伯桿菌、綠膿桿菌、少數為腸球菌和葡萄球菌。大腸桿菌是UI中最常見的致病菌。約占60%—80%。初次患UTI的新生兒，所有年齡的女孩和1歲以下的男孩，主要的致病菌仍是大腸桿菌，而在1歲以上男孩主要致病菌多是變形桿菌。對于10—16歲的女孩，白色葡萄球菌亦常見，克雷伯桿菌和腸球菌多見于新生兒UTI。
