下列情況下禁用甲氨蝶呤：腎功能已受損害、孕婦、營養不良、肝腎功能不良或伴有血液病者，如白細胞減少、血小板減少、貧血及骨髓抑制。
警告
1. 銀屑病：在過去用甲氨蝶呤治療銀屑病過程中，已有死亡病例的報告。甲氨蝶呤只能用于已確診、用常規療法無效的、嚴重的、已鈣化的、致殘型銀屑病。
2. 肺部副作用：用甲氨蝶呤治療具有肺部毒性，這種毒性進展很快，甚至是致命的。肺部的副作用包括有肺炎和肺纖維化，可發生于任何劑量甚至低至每周7.5mg的劑量。當接受甲氨蝶呤治療時，任何患者如出現肺部癥狀（例如干咳、呼吸困難）都應考慮到是由于甲氨蝶呤引起的肺部毒性。如果出現了上述肺部癥狀，應停用甲氨蝶呤，并對病人進行包括排除感染源在內的臨床評價。對甲氨蝶呤引起的肺毒性的處理主要是支持性療法，也可包括機械性通氣。另外，藥物誘導的肺毒性也許不能完全恢復。
3. 骨髓抑制：可能會在使用安全劑量時突然發生。甲氨蝶呤可引起骨髓抑制、白細胞減少、血小板減少、貧血和出血，應在治療前并最好在治療過程中定期對血液系統進行評價，任何血細胞數的減少將是停藥的依據，并應采取相應的治療。所有伴有骨髓再生障礙、白細胞減少、血小板減少、貧血的病人，應慎用甲氨蝶呤。如果發生白細胞顯著減少，可能會導致細菌感染，應停止使用甲氨蝶呤，并給予相應的抗感染治療，如果出現嚴重的骨髓抑制，可能需要輸血或輸血小板。
4. 腎功能損害：將導致藥物毒性的蓄積，進一步造成腎損害。在治療前和治療中應檢查腎功能，如果出現明顯的腎功能損害，應停藥或減少用量，應避免與其它具有腎毒性的藥物合用。
5. 肝功能損害：在用藥前和整個用藥期應檢查肝功能。因為大劑量長期應用甲氨蝶呤時會產生肝毒性，對已有肝功能不良的病人甲氨蝶呤的使用應特別慎重，避免同時使用其它具有肝毒性的藥物，包括飲酒。
6. 胃腸道系統：常見為腹瀉和潰瘍性胃炎，為避免引起出血性腸炎和可能致命的腸穿孔，可隨時停止用藥。