活菌計數法可因操作不熟練造成污染，或因培養基溫度過高損傷細胞等原因造成結果不穩定。盡管如此，由于該方法能測出樣品中微量的菌數，仍是教學、科研和生產上常用的一種測定細菌數的有效方法。土壤、水、牛奶、食品和其他材料中所含細菌、酵母、芽抱與抱子等的數量均可用此法測定。但不適于測定樣品中絲狀體微生物，例如放線菌或絲狀真菌或絲狀藍細菌等的營養體等。
